Bandırma'nın içinde bulunduğu bölgede yapılan kazı ve araştırmalardan, bu alanda M.Ö. 6 bin yılının ortalarına uzanan Neolitik ve 5 bin yılının sonlarına uzanan Kalkolithik yerleşmelerin olduğu tespit edilmiştir. M.Ö. 4 binde bölgede Yortan kültürünü ve M.Ö. 3 binde ilk Tunç Çağı ile birlikte bölgede Troia kültürü ile paralellik taşıyan yerleşmelerin varlığı görülmektedir. M.Ö. 2 bin başlarında yörede bilinmeyen nedenlerle yerleşmelerin azaldığını görüyoruz. Daha sonra Demir Çağı (M.Ö.1200-525) ile birlikte Bandırma bölgesinin belirgin bir şekilde yeniden önem kazandığını, Antik Ege'den ve Balkanlardan Anadolu'ya göçlerin olduğunu ve yörenin yeni kültürlerle tanıştığını anlıyoruz. M.Ö. 2 binin sonlarında; bölgenin Osmanlı egemenliğine girinceye kadarki dönem içerisinde bölgede büyük bir kültür mozaiğinin yaşadığını, Frigler'in, Lidyalılar'ın, Mysialılar'ın, Traklar'ın, Persler'in, Makedonlar'ın, Roma ve Bizanslılar'ın etkili oldukları anlaşılmıştır. M.Ö. 550-334 yıllarında Persler'in egemenliğinde kalan bölge Daskylieon'da bulunan Pers (Akhaemenid) Satrap'lığı (Genel Valilik) nedeniyle çok önem kazanmıştır. Büyük İskenderin M.Ö. 334 yılında Persler'i yenmesiyle bölge Makedonyalılar'ın eline geçmiş, sonraki yıllarda Türkler'in eline geçinceye kadar Roma ve Bizans yönetiminde kalmıştır.

Bandırma'nın kuruluş tarihi kesin olarak bilinmemekle birlikte Kapıdağ Yarımadası'ndaki Kyzikos Antik Şehri ile aynı zamanda kurulmuş olabileceği sanılmaktadır. Eski Bandırma, bugünkü şehir merkezinden 2 km kadar kuzeyde bulunan ve günümüzde Livatya ve Ağıldere olarak bilinen yörede olan ve Kyzikos tarafından da kullanılan Bandırma'ya limanından dolayı "Güvenilir Liman" anlamına gelen PANORMOS adı verilmiştir. Panormos Çanakkale'den İzmir'e kadar uzanan ve 20 kadar antik kenti içine alan Mysia sınırları içerisinde bulunuyordu. Bandırma'ya Türklerin girişi ise Anadolu'da ilk Türk Devletini kuran Kutalmışoğlu Süleyman Bey'in 1076 yılında Kyzikos'la birlikte Aydıncık ve Bandırma'yı fethetmesiyle gerçekleşmiştir. 1106 yılında Selçuklu Sultanı 1.Kılıçarslan'ın vefatı sonrası bölge tekrar Bizans egemenliğine geçmiştir. 1115 yılında bölgeye hücum eden Türkler Bursa ve Apollonia'yı alarak Kyzikos ve Panormos üzerine yürümüşler, ancak Haçlıların ardı arkası kesilmeyen akınları karşısında geri çekilmişler bölge Bizans egemenliğine kalmıştır. 12.yy'ın sonlarında Selçuklu Uç Beyleri egemenliklerini ilan etmişler, bölgeyi idare eden Karesi Bey daha sonraları Marmara ve Çanakkale sahillerini, Karabiga ile birlikte bazı şehirleri eline geçirmiştir. Türklerin bölgedeki hakimiyetinden çekilen Bizanslılar Anadolu'da Türk Beylerinin ilerleyişini durdurmak için İspanya'da Katalan'lar adıyla bilinen paralı askerler getirerek Kyzikos'a yerleştirmişlerdir. Kyzikos'un 6 mil ötesinde bir su kenarında eşleri ve çocuklarıyla birlikte karargah kuran Karasi Beyliğine bağlı Türkler, Katalanlar'ın ani hücumuna uğramış ve 5 bin'e yakın kayıp vermişlerdir. Katalanlar bölgeyi yakıp yıkmışlar, 10 yaşın üzerinde bütün erkekleri öldürmüşlerdir. Bundan sonra Bizanslılar'ın egemenliğine giren bölge 1336 yılında Orhan Gazi zamanında Osmanlılar'ın eline geçmiştir. Bu yıllarda küçük bir balıkçı köyü olan Bandırma'nın da içinde bulunduğu bölgenin sorumluluğu Orhan Gazi tarafından Süleyman Paşaya verilmiştir.

Evliya Çelebi Seyahatnamesinde, Bandırma'yı şöyle anlatır: "Anadolu eyaletinde, Bursa Sancağı'na bağlı olup, yüz elli akçelik kazadır. Bir hakimi de gümrük eminidir. Yeniçeri serdarı, sipahi kethüda yeri, muhte-sibi, bacdarı, ankibi, ayan ve eşrafı vardır. Marmara denizinde büyük bir ticaret iskelesidir. On iki mahallesi olup, on yedi de mihrabı vardır. Binaları alçaklı yüksekli, kiremit örtülü evler olup, Marmara Denizinin kıyılarında kurulmuştur. İskele başındaki gümrüğü yük yetmiş akçe kiraya verilir. Çocuk mektebi, derviş tekkeleri ve hahamları vardır. Çarşısında bütün sanatkarlar varsa da bedesteni yoktur. Hazret-i Süleyman'ın Hatunu Belkıs, kah burada kah Edincik'de otururdu."

Bir süre Aydıncık ve Hüdavendigar'a bağlı olan Bandırma 16. yy'ın 2. yarısında Galata Kazası Kapıdağ Nahiyesine bağlanmıştır. Bandırma'nın o yıllardaki gelişmesinde Padişah'ın Dergah-ı Ali Çavuşlarından Haydar Çavuş'un Bandırma'ya yerleşmesi önemli bir etken olmuştur. Bazı kaynaklarda Bandırma'ya sürgün olarak gönderildiği belirtilen Haydar Çavuş, sahilde kendi adını taşıyan bir cami, medrese, hamam, beş ev, on dükkan yaptırmıştır. Bu eserleri vakıf olarak Bandırma'ya bırakan Haydar Çavuş'un bundan sonraki yaşamı konusunda herhangi bir bilgi bulunmamaktadır.

Bandırma, 1830 yılında Kapıdağ bucağına bağlanmıştır. Tanzimata kadar voyvodalıkla idare edilen Bandırma, Tanzimatın ilanından sonra gerçekleştirilen idari yapılanmanın ardından Erdek ilçesine bağlı bir bucak olmuştur. 1874 yılında büyük bir yangın geçiren Bandırma'nın tamamına yakını bu yangında harap olmuştur. Yangın sonrası Bandırma kısa zamanda yeniden onarılmıştır.

1876-1878 Osmanlı-Rus savaşı sonunda, Kırım ve Romanya'dan göç eden Tatarlar'ın Bandırma'ya yerleştirilmesi şehirde bir canlanmaya ve nüfusunun artmasına neden olmuştur. Bu gelişmeler sonrası Bandırma, 1878 yılında Karesi Sancağı'na(Balıkesir) bağlı bir ilçe merkezi haline getirilmiştir.1879 yılı salnamesinde Belediyenin yeni seçilmekte olduğu belirtilmektedir.

1889 yılı salnamesinde ise, Bandırma ile ilgili şunları öğreniyoruz. "Kaza Merkezi Marmara Denizi sahilindedir. 18 mahalle, 9031 nüfusludur. Kaza 5 cami-i şerif, 4 mescit, 5 kilise, 4 manastır, 3 hamam, 10 han, 15 fırın, 6 tabakhane, 14 yel değirmeni, 2 kiremit ocağı, 3 kireç ocağı, 3 eczane, 2 kıraathane, 60 kahvehane, 550 dükkan, 200 mağaza, 2850 hane, 17 sübyan mektebi, 1 mektep-i iptidai ve rüştiye, 2 gaz deposu, 1 baruthane, 1 un fabrikası, 1 askeri debboy, büyük vapur iskelesi, yine orada Belediye Dairesi, bir Telgrafhane ve Hükümet Konağı vardır. Bandırma iskelesi, ticaretgah bir mahal olup Karesi Sancağının ithalat-ihracat başlıca merkezidir. Dersaadet'den (İstanbul) buraya hemen her gün vapurlar gelir, gider. Fakat haftada üç postası vardır. Karesi Sancağı'nda üretilen madenler buradan doğruca Avrupa'ya gönderilir." İfadeleri yer almaktadır.

Çanakkale Boğazı'nın kapatılması ile bölgesel olarak büyük bir önem kazanmıştır. Askeri ve ekonomik alandaki bu stratejik konum, ilçede her şeyin canlanmasını sağlamıştır.